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コーヒーブレイク 植物から精製なしで直接cDNAが合成できるか試してみた! ■はじめに 植物のRNAを解析する際、抽出して精製して…と、手間も時間もがかかりますよね。 クルードなサンプルから直接cDNAが合成できたら簡便なのでは?と思い、当社試薬でできないか試してみました! ■実験方法 液体窒素で凍結したお茶の葉50 mgにPBS 750μgを加え、ペッスルですりつぶし、13, ...
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コーヒーブレイク ストランド情報ってなに? ■はじめに 早速ですが、ストランド情報とは何かご存知でしょうか? 近頃、NGS(RNA-seq)でよく聞かれる用語ですね。 ストランド情報とは、2本のDNA鎖のどちらの鎖からRNAが生成されたのかを示す情報のことです。 RNA-seqはストランド情報がわかることでより正確なアライメントを可能とし、アンチセンスRNAなどの遺伝子調節のメカニズム解析には必要 ...
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コーヒーブレイク コンタミネーションを防ぐには? ■はじめに PCRにおいて、ネガティブコントロールからも遺伝子の増幅が見られ、困ったことはありませんか? PCRは非常に感度の良い実験手法になり、ごく微量でも以前に行ったPCR産物が混じる(コンタミネーションする)と偽陽性が生じたり、正しく定量できなくなったりしてしまいます。 コンタミネーションはなぜ起こる? ⇒PCR産物は108～101 ...
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コーヒーブレイク 自社製品の性能を比較してみた! ■はじめに 製品がいろいろありすぎて何を選べば良いかわからない!そもそも各製品どれくらい性能違うの?といったお問い合わせをよくいただきます。 今回は、自社のqPCR試薬において、高速性能を比較してみました。 ■実験方法 HeLa細胞total RNA由来のcDNA (total RNA 0.06 pg～1 ng相当)を鋳型とし、SYBR&trade ...
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コーヒーブレイク インフルエンザウイルスを検出してみた! ■はじめに 今年最後の実験レポートは冬らしいものということで、インフルエンザウイルスをqRT-PCRで検出した実施例のご紹介です。 インフルエンザウイルスや新型コロナウイルスなどのRNAウイルスはqRT-PCRで検出可能です。qRT-PCRには1-step法と2-step法があり、以下のような違いがあります。 RNAウイルスの検出用途では操 ...
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コーヒーブレイク エクソソームからmiRNAを検出してみた! ■はじめに 東洋紡からマイクロRNA(miRNA)解析用のcDNA合成キットが販売されました! ということで、今回はmiRNAに関する実験の紹介です! miRNAは遺伝子の発現制御に関わる20～25塩基程度の一本鎖RNAであり、発生、分化、細胞増殖などさまざまな分野で研究が行われています。特にがんへの関与が多数報告されており、miRNA ...
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コーヒーブレイク どれくらいの量の細胞から直接cDNAを合成できるか検証してみた! ■はじめに RNA抽出が面倒!細胞から直接qPCRできたらいいのに…と思ったことはありませんか?そんな方には弊社SuperPrep®がおすすめです! 細胞から精製することなくcDNA合成が可能で、細胞内のRNAを簡単に定量することができます。 今回は、SuperPrep®と弊社qPCR試薬を用いて、ど ...
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コーヒーブレイク イルミナ社次世代シーケンサーのライブラリー定量方法の違いって何? ■はじめに NGS解析の際、皆さまはどんな方法でライブラリーの出来具合を確認していますか? イルミナ社次世代シーケンサー(NGS)では、下図のような流れでライブラリー調製を行い、シーケンスランを行う前にライブラリーを定量し、適切な濃度をインプットする必要があります。 インプットするライブラリー濃度の正確さによって、 ...
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コーヒーブレイク FFPEから遺伝子発現解析してみた! ■はじめに FFPEとはホルマリン固定パラフィン包埋(Formalin fixed paraffin embedded)といい、組織や細胞のサンプルを保存・処理するための方法です。固定されたサンプルは、臨床検体を長期保存するために広く使用され、主に形態診断や分子診断に利用されていますが、近頃、遺伝子解析にも利用拡大されています。 お持ちの眠っ ...
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コーヒーブレイク リアルタイムPCRで美しい増幅曲線を作成するための秘訣! ■はじめに リアルタイムPCR(qPCR)は、遺伝子の定量解析において不可欠なツールです! 実験データの解釈や報告においては、視覚的に美しい増幅曲線も重要なポイントです。増幅曲線がきれいであることは、データの信頼性にも影響しますよね。 今回は各社のqPCRキットを用いて、増幅曲線の「見た目」を比較してみました! PCRサイ ...
