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コーヒーブレイク どれくらいの量の細胞から直接cDNAを合成できるか検証してみた! ■はじめに RNA抽出が面倒!細胞から直接qPCRできたらいいのに…と思ったことはありませんか?そんな方には弊社SuperPrep®がおすすめです! 細胞から精製することなくcDNA合成が可能で、細胞内のRNAを簡単に定量することができます。 今回は、SuperPrep®と弊社qPCR試薬を用いて、ど ...
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コーヒーブレイク イルミナ社次世代シーケンサーのライブラリー定量方法の違いって何? ■はじめに NGS解析の際、皆さまはどんな方法でライブラリーの出来具合を確認していますか? イルミナ社次世代シーケンサー(NGS)では、下図のような流れでライブラリー調製を行い、シーケンスランを行う前にライブラリーを定量し、適切な濃度をインプットする必要があります。 インプットするライブラリー濃度の正確さによって、 ...
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コーヒーブレイク FFPEから遺伝子発現解析してみた! ■はじめに FFPEとはホルマリン固定パラフィン包埋(Formalin fixed paraffin embedded)といい、組織や細胞のサンプルを保存・処理するための方法です。固定されたサンプルは、臨床検体を長期保存するために広く使用され、主に形態診断や分子診断に利用されていますが、近頃、遺伝子解析にも利用拡大されています。 お持ちの眠っ ...
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コーヒーブレイク リアルタイムPCRで美しい増幅曲線を作成するための秘訣! ■はじめに リアルタイムPCR(qPCR)は、遺伝子の定量解析において不可欠なツールです! 実験データの解釈や報告においては、視覚的に美しい増幅曲線も重要なポイントです。増幅曲線がきれいであることは、データの信頼性にも影響しますよね。 今回は各社のqPCRキットを用いて、増幅曲線の「見た目」を比較してみました! PCRサイ ...
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コーヒーブレイク NGSライブラリー調製におけるPCR増幅の影響を調べてみた! ■はじめに イルミナ社次世代シーケンサー(NGS)でDNAを解析する際には、解析したいDNAをNGS機器の読み取りに合わせた長さに調製し、シーケンスに必要な配列を付加する必要があります。 DNAのライブラリー調製では、以下の図のような反応を進めていくことで、シーケンスに必要な配列が付加されたライブラリーが調製されます。 ...
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コーヒーブレイク リアルタイムPCRマスターミックス試薬の添加量を変えて実験してみた! ■はじめに 最近のPCR試薬はマスターミックス化されており、簡単に試薬調製ができますね。PCRには酵素やMgの濃度が重要ですが、試薬を薄めて使用したり、濃く使用したりしたら、反応はできなくなるのでしょうか? 今回は、新製品THUNDERBIRD® Next Probe One-step qRT-PCR 4&ti ...
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コーヒーブレイク 冷凍庫に眠っているqPCR試薬を使ってみた! ■はじめに これいつ買ったっけ…?と分からなくなったまま研究室の冷凍庫に眠っている試薬はありませんか? 今回は、研究室で長期保管されていたリアルタイムPCR試薬を使用して、きちんと増幅できるのか性能を確かめてみました! ■実験方法 逆転写反応用試薬 ReverTra Ace® qPCR RT Kit [Code No.F ...
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コーヒーブレイク 微量RNAからの発現解析! cDNAを増やす方法を検討してみた! ■はじめに リアルタイムPCRで遺伝子の発現量を解析する際、十分なRNA量がとれなかったことはないですか? そのような微量RNAを解析するにはcDNA増幅ができるqPCR用逆転写試薬QuantAccuracy®, RT-RamDA® cDNA Synthesis Kit [Code No. RMQ-101]の使用が ...
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コーヒーブレイク 増幅しにくいターゲットを増幅してみた! ■はじめに PCRの増幅がうまくいかないことはないでしょうか? その原因として、ターゲットの配列がGCリッチだったりATリッチだったりして、配列が偏っていることが増幅しにくい原因かもしれません。 今回は、KOD -Multi & Epi-®を用いて、増幅が難しいとされるATリッチなターゲット(バイサルファイト処理後のDNA AT率6 ...
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コーヒーブレイク さまざまなRNA量からRNA-seqをしてみた! ■はじめに RNAがたくさん取れた時、インプット量はどれくらいにするべきか迷ったことはありませんか? GenNext® Shin-RamDA-seq® Single Cell Stranded Kitでは推奨のインプット量の範囲は10pg~1ngとなっています。 インプット量の違いでどのようなライブラリーが得られるのか、検出遺伝子 ...
