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コーヒーブレイク Long PCRで KODにぴったりのPrimer長を探してみた! ■はじめに 皆さんはPrimerをどのくらいの長さで設計していますか? 配列はもちろん、長さもPrimerを設計する上で重要なポイントですよね。 今回は、Long PCRでPrimerの長さを2merずつ変えて、どの長さが一番KODにぴったりなのか検証してみました! ■実験方法 40merから18merまで2ba ...
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コーヒーブレイク qPCR試薬、プライマーとテンプレートを入れてどのくらい放置しても大丈夫? ■はじめに リアルタイムPCRの際、「調製に時間がかかっているけど大丈夫かな…」とか「試薬調製しちゃったけど、ちょっと実験止めたい!」と思ったことはありませんか? 今回は、実際のところ反応液を放置したらどうなるのか、研究員に試してもらいました。 ■実験方法 当社の2種類の製品(THUNDER ...
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コーヒーブレイク PCRであえてアニーリング温度を下げたらどうなるか試してみた! ■はじめに PCRにおいてサイクル条件の温度はとても大切なポイントですよね! アニーリング温度は、高いと特異性が高くなるが収量が低下し、低いと収量は増加するが特異性が低下すると言われます。 今回はKOD One® PCR Master Mix -Blue- [Code No. KMM-201] を用いて、あえてアニー ...
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コーヒーブレイク ボルテックスってどれくらいまでかけたらダメなの? ■はじめに よく酵素はボルテックスをかけてもいいですか? というお問い合わせをいただきます。 ボルテックスをかけてはいけないというイメージがありますが、どれくらいまでなら問題ないのか試してみました。 ■実験方法 逆転写試薬ReverTra Ace® qPCR RT Master Mix [Code No.FSQ-201] とHeL ...
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コーヒーブレイク お楽しみコラム 「ヒミツの実験レポート」 Index (最新レポート) GCリッチな微生物ゲノムからNGSライブラリーを調製してみた! (過去のレポート) KODEasy®を使ってPCR産物をナノポアシーケンスしてみた! インフルエンザウイルスを検出してみた! ロングPCRの特異性を上げるコツ! qPCR試薬の蛍光強度を比較してみた! 細胞から直接cDNA合成してバラツキを比較し ...
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コーヒーブレイク RNAはどれくらい置くと分解してしまうのか? ■はじめに 新学期シーズン!新しい実験に取り組まれる方も多いのではないでしょうか。 さて、RNAを取り扱う実験においてRNAは不安定なので取り扱いに気を付けて、と言われますが、例えば室温などにRNAを誤って放置してしまった場合、どれくらいの時間で分解してしまうのでしょうか。 今回はあえてRNAを放置して、安定性を評価してみました。 ■ ...
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コーヒーブレイク どれくらい微量のRNAからcDNAの合成ができるか試してみた! ■はじめに RNAを用いて遺伝子の発現量を解析する際、十分なRNA量がとれず、解析できなかったことはありませんか? 今回、QuantAccuracy®, RT-RamDA® cDNA Synthesis Kitを使用してどれくらい微量のRNAからリアルタイムで解析可能なcDNAが合成できるのか、製品性能の限界に挑戦し ...
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コーヒーブレイク 開発秘話インタビュー Index (最新のインタビュー) THUNDERBIRD Next Probe qPCR Mix (過去のインタビュー) SARS-CoV-2 Detection Kit -Multi- QuantAccuracy®, RT-RamDA® cDNA Synthesis Kit KOD One® PCR Master Mix シリーズ /
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コーヒーブレイク プライマーのTm値はどれくらいPCRに影響があるのか試してみた! ■はじめに プライマーに合わせてアニーリング温度を設定するというのは、PCRの基本ですが、Tm値が異なるプライマーを用いる場合は何回も反応を実施する必要があり、けっこう手間がかかりますよね。 今回は、あえてTm値を無視して一定のアニーリング温度でPCRをかけたらどうなるか試してみました! ■実験方法 ヒトゲノムDN ...
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コーヒーブレイク GC-richサンプルのPCRバイアスを調べてみた! ■はじめに NGSのライブラリー増幅の際、GC-richやAT-richなサンプルが効率的に増幅されなかったことはありませんか? 均一な増幅ができていない場合、シークエンス結果が不正確になってしまったり、シークエンスの定量性が失われてしまったりする可能性があります。また必要なシークエンス情報を得るため、より多くの配列データ(リ ...
