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コーヒーブレイク どれくらい微量のRNAからcDNAの合成ができるか試してみた! ■はじめに RNAを用いて遺伝子の発現量を解析する際、十分なRNA量がとれず、解析できなかったことはありませんか? 今回、QuantAccuracy®, RT-RamDA® cDNA Synthesis Kitを使用してどれくらい微量のRNAからリアルタイムで解析可能なcDNAが合成できるのか、製品性能の限界に挑戦し ...
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コーヒーブレイク 開発秘話インタビュー Index (最新のインタビュー) THUNDERBIRD Next Probe qPCR Mix (過去のインタビュー) SARS-CoV-2 Detection Kit -Multi- QuantAccuracy®, RT-RamDA® cDNA Synthesis Kit KOD One® PCR Master Mix シリーズ /
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コーヒーブレイク プライマーのTm値はどれくらいPCRに影響があるのか試してみた! ■はじめに プライマーに合わせてアニーリング温度を設定するというのは、PCRの基本ですが、Tm値が異なるプライマーを用いる場合は何回も反応を実施する必要があり、けっこう手間がかかりますよね。 今回は、あえてTm値を無視して一定のアニーリング温度でPCRをかけたらどうなるか試してみました! ■実験方法 ヒトゲノムDN ...
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コーヒーブレイク GC-richサンプルのPCRバイアスを調べてみた! ■はじめに NGSのライブラリー増幅の際、GC-richやAT-richなサンプルが効率的に増幅されなかったことはありませんか? 均一な増幅ができていない場合、シークエンス結果が不正確になってしまったり、シークエンスの定量性が失われてしまったりする可能性があります。また必要なシークエンス情報を得るため、より多くの配列データ(リ ...
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コーヒーブレイク 植物から精製なしで直接cDNAが合成できるか試してみた! ■はじめに 植物のRNAを解析する際、抽出して精製して…と、手間も時間もがかかりますよね。 クルードなサンプルから直接cDNAが合成できたら簡便なのでは?と思い、当社試薬でできないか試してみました! ■実験方法 液体窒素で凍結したお茶の葉50 mgにPBS 750μgを加え、ペッスルですりつぶし、13, ...
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コーヒーブレイク ストランド情報ってなに? ■はじめに 早速ですが、ストランド情報とは何かご存知でしょうか? 近頃、NGS(RNA-seq)でよく聞かれる用語ですね。 ストランド情報とは、2本のDNA鎖のどちらの鎖からRNAが生成されたのかを示す情報のことです。 RNA-seqはストランド情報がわかることでより正確なアライメントを可能とし、アンチセンスRNAなどの遺伝子調節のメカニズム解析には必要 ...
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コーヒーブレイク コンタミネーションを防ぐには? ■はじめに PCRにおいて、ネガティブコントロールからも遺伝子の増幅が見られ、困ったことはありませんか? PCRは非常に感度の良い実験手法になり、ごく微量でも以前に行ったPCR産物が混じる(コンタミネーションする)と偽陽性が生じたり、正しく定量できなくなったりしてしまいます。 コンタミネーションはなぜ起こる? ⇒PCR産物は108～101 ...
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コーヒーブレイク 自社製品の性能を比較してみた! ■はじめに 製品がいろいろありすぎて何を選べば良いかわからない!そもそも各製品どれくらい性能違うの?といったお問い合わせをよくいただきます。 今回は、自社のqPCR試薬において、高速性能を比較してみました。 ■実験方法 HeLa細胞total RNA由来のcDNA (total RNA 0.06 pg～1 ng相当)を鋳型とし、SYBR&trade ...
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コーヒーブレイク インフルエンザウイルスを検出してみた! ■はじめに 今年最後の実験レポートは冬らしいものということで、インフルエンザウイルスをqRT-PCRで検出した実施例のご紹介です。 インフルエンザウイルスや新型コロナウイルスなどのRNAウイルスはqRT-PCRで検出可能です。qRT-PCRには1-step法と2-step法があり、以下のような違いがあります。 RNAウイルスの検出用途では操 ...
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コーヒーブレイク エクソソームからmiRNAを検出してみた! ■はじめに 東洋紡からマイクロRNA(miRNA)解析用のcDNA合成キットが販売されました! ということで、今回はmiRNAに関する実験の紹介です! miRNAは遺伝子の発現制御に関わる20～25塩基程度の一本鎖RNAであり、発生、分化、細胞増殖などさまざまな分野で研究が行われています。特にがんへの関与が多数報告されており、miRNA ...
