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コーヒーブレイク ボルテックスってどれくらいまでかけたらダメなの? ■はじめに よく酵素はボルテックスをかけてもいいですか? というお問い合わせをいただきます。 ボルテックスをかけてはいけないというイメージがありますが、どれくらいまでなら問題ないのか試してみました。 ■実験方法 逆転写試薬ReverTra Ace® qPCR RT Master Mix [Code No.FSQ-201] とHeL ...
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コーヒーブレイク お楽しみコラム 「ヒミツの実験レポート」 Index (最新レポート) DNAメチル化解析でお困りの方へ! (過去のレポート) さまざまなRNA量からRNA-seqをしてみた! 増幅しにくいターゲットを増幅してみた! 微量RNAからの発現解析! cDNAを増やす方法を検討してみた! 冷凍庫に眠っているqPCR試薬を使ってみた! リアルタイムPCRマスターミックス試薬の添加量を変え ...
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コーヒーブレイク RNAはどれくらい置くと分解してしまうのか? ■はじめに 新学期シーズン!新しい実験に取り組まれる方も多いのではないでしょうか。 さて、RNAを取り扱う実験においてRNAは不安定なので取り扱いに気を付けて、と言われますが、例えば室温などにRNAを誤って放置してしまった場合、どれくらいの時間で分解してしまうのでしょうか。 今回はあえてRNAを放置して、安定性を評価してみました。 ■ ...
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コーヒーブレイク どれくらい微量のRNAからcDNAの合成ができるか試してみた! ■はじめに RNAを用いて遺伝子の発現量を解析する際、十分なRNA量がとれず、解析できなかったことはありませんか? 今回、QuantAccuracy®, RT-RamDA® cDNA Synthesis Kitを使用してどれくらい微量のRNAからリアルタイムで解析可能なcDNAが合成できるのか、製品性能の限界に挑戦し ...
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コーヒーブレイク 開発秘話インタビュー Index (最新のインタビュー) THUNDERBIRD Next Probe qPCR Mix (過去のインタビュー) SARS-CoV-2 Detection Kit -Multi- QuantAccuracy®, RT-RamDA® cDNA Synthesis Kit KOD One® PCR Master Mix シリーズ /
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コーヒーブレイク プライマーのTm値はどれくらいPCRに影響があるのか試してみた! ■はじめに プライマーに合わせてアニーリング温度を設定するというのは、PCRの基本ですが、Tm値が異なるプライマーを用いる場合は何回も反応を実施する必要があり、けっこう手間がかかりますよね。 今回は、あえてTm値を無視して一定のアニーリング温度でPCRをかけたらどうなるか試してみました! ■実験方法 ヒトゲノムDN ...
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コーヒーブレイク GC-richサンプルのPCRバイアスを調べてみた! ■はじめに NGSのライブラリー増幅の際、GC-richやAT-richなサンプルが効率的に増幅されなかったことはありませんか? 均一な増幅ができていない場合、シークエンス結果が不正確になってしまったり、シークエンスの定量性が失われてしまったりする可能性があります。また必要なシークエンス情報を得るため、より多くの配列データ(リ ...
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コーヒーブレイク 植物から精製なしで直接cDNAが合成できるか試してみた! ■はじめに 植物のRNAを解析する際、抽出して精製して…と、手間も時間もがかかりますよね。 クルードなサンプルから直接cDNAが合成できたら簡便なのでは?と思い、当社試薬でできないか試してみました! ■実験方法 液体窒素で凍結したお茶の葉50 mgにPBS 750μgを加え、ペッスルですりつぶし、13, ...
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コーヒーブレイク ストランド情報ってなに? ■はじめに 早速ですが、ストランド情報とは何かご存知でしょうか? 近頃、NGS(RNA-seq)でよく聞かれる用語ですね。 ストランド情報とは、2本のDNA鎖のどちらの鎖からRNAが生成されたのかを示す情報のことです。 RNA-seqはストランド情報がわかることでより正確なアライメントを可能とし、アンチセンスRNAなどの遺伝子調節のメカニズム解析には必要 ...
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コーヒーブレイク コンタミネーションを防ぐには? ■はじめに PCRにおいて、ネガティブコントロールからも遺伝子の増幅が見られ、困ったことはありませんか? PCRは非常に感度の良い実験手法になり、ごく微量でも以前に行ったPCR産物が混じる(コンタミネーションする)と偽陽性が生じたり、正しく定量できなくなったりしてしまいます。 コンタミネーションはなぜ起こる? ⇒PCR産物は108～101 ...
