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コーヒーブレイク NGSライブラリー調製におけるPCR増幅の影響を調べてみた! ■はじめに イルミナ社次世代シーケンサー(NGS)でDNAを解析する際には、解析したいDNAをNGS機器の読み取りに合わせた長さに調製し、シーケンスに必要な配列を付加する必要があります。 DNAのライブラリー調製では、以下の図のような反応を進めていくことで、シーケンスに必要な配列が付加されたライブラリーが調製されます。 ...
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コーヒーブレイク リアルタイムPCRマスターミックス試薬の添加量を変えて実験してみた! ■はじめに 最近のPCR試薬はマスターミックス化されており、簡単に試薬調製ができますね。PCRには酵素やMgの濃度が重要ですが、試薬を薄めて使用したり、濃く使用したりしたら、反応はできなくなるのでしょうか? 今回は、新製品THUNDERBIRD® Next Probe One-step qRT-PCR 4&ti ...
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コーヒーブレイク 冷凍庫に眠っているqPCR試薬を使ってみた! ■はじめに これいつ買ったっけ…?と分からなくなったまま研究室の冷凍庫に眠っている試薬はありませんか? 今回は、研究室で長期保管されていたリアルタイムPCR試薬を使用して、きちんと増幅できるのか性能を確かめてみました! ■実験方法 逆転写反応用試薬 ReverTra Ace® qPCR RT Kit [Code No.F ...
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コーヒーブレイク 微量RNAからの発現解析! cDNAを増やす方法を検討してみた! ■はじめに リアルタイムPCRで遺伝子の発現量を解析する際、十分なRNA量がとれなかったことはないですか? そのような微量RNAを解析するにはcDNA増幅ができるqPCR用逆転写試薬QuantAccuracy®, RT-RamDA® cDNA Synthesis Kit [Code No. RMQ-101]の使用が ...
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コーヒーブレイク 増幅しにくいターゲットを増幅してみた! ■はじめに PCRの増幅がうまくいかないことはないでしょうか? その原因として、ターゲットの配列がGCリッチだったりATリッチだったりして、配列が偏っていることが増幅しにくい原因かもしれません。 今回は、KOD -Multi & Epi-®を用いて、増幅が難しいとされるATリッチなターゲット(バイサルファイト処理後のDNA AT率6 ...
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コーヒーブレイク さまざまなRNA量からRNA-seqをしてみた! ■はじめに RNAがたくさん取れた時、インプット量はどれくらいにするべきか迷ったことはありませんか? GenNext® Shin-RamDA-seq® Single Cell Stranded Kitでは推奨のインプット量の範囲は10pg~1ngとなっています。 インプット量の違いでどのようなライブラリーが得られるのか、検出遺伝子 ...
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コーヒーブレイク DNAメチル化解析でお困りの方へ! ■はじめに 遺伝子発現調整に深く関わるメチル化の解析は、エピゲノムの分野でよく行われる解析です。しかし、DNAのメチル化解析において、バイサルファイト処理や酵素処理をした鋳型からのPCRがうまくいかなかったことはないですか? バイサルファイト後の鋳型は断片化されていることが多く、また非メチル化シトシンから変換されたウラシルもPCRを阻害すること ...
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コーヒーブレイク PCR試薬にいろんな色を付けてみた! ■はじめに 実験がうまくいかない…課題が終わらない…人生、山あり谷ありですよね! 研究に疲れを感じ始めたとき、PCR試薬をカラフルにして気分を上げてみませんか? 最近、色素入りのPCR試薬が各社から販売されていますね。 反応液に色がついているため、PCR後にそのまま電気泳動が可能です。ローディングバッファーを加える ...
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コーヒーブレイク アダプターダイマーを減らすライブラリー調製のコツ! ■はじめに このたび、東洋紡から新しくDNA-seq用のライブラリー調製キット「GenNext® NGS Library Prep Kit -KODEasy® -[Code No. LPK-201]」が発売されました! 末端修復やライブラリー増幅には弊社独自のKOD酵素を応用しており、従来製品に比べて操作性を大幅に向上させており ...
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コーヒーブレイク 細胞から直接cDNA合成してバラツキを比較してみた! ■はじめに 96ウェルプレートで培養した細胞などサンプル数が多いと、RNA抽出は時間も手間もかかって大変ですよね、そのお悩み解決できます! 弊社SuperPrep®を使えば、細胞から精製することなくcDNA合成が可能です。さらに、さまざまなリアルタイムPCR試薬(SYBR™ Green I、TaqMan®アッセイ両 ...
