コーヒーブレイク

■はじめに
リアルタイムPCR(qPCR)は、遺伝子の定量解析において不可欠なツールです!
実験データの解釈や報告においては、視覚的に美しい増幅曲線も重要なポイントです。増幅曲線がきれいであることは、データの信頼性にも影響しますよね。
今回は各社のqPCRキットを用いて、増幅曲線の「見た目」を比較してみました!

PCRサイクルの初期の段階において、PCR産物は指数関数的に増加しますが、PCR反応が飽和に近づくと徐々に増加率は低下し、最終的に増幅が停止すると増幅曲線は水平になります。増幅曲線の水平な部分をプラトーと呼びますが、プラトーの高さは増幅曲線の見た目を決めるポイントの一つです。

そこで今回は、各社のqPCRキットでプラトーの高さを比べてみました!

■実験方法
逆転写反応用試薬 ReverTra Ace^® qPCR RT Kit [Code No.FSQ-101]を用いて、HeLa細胞total RNAからcDNAを合成しました。cDNAの5倍希釈(5段階)したサンプルを THUNDERBIRD^® Next SYBR™ qPCR Mix [Code No.QPX-201]、およびA社キット、B社キットを使用してqPCRを行い、増幅曲線のプラトーを比較しました。

反応液組成
THUNDERBIRD^® Next SYBR™ qPCR Mix

滅菌水                                                                           X μL
THUNDERBIRD^® Next SYBR™ qPCR Mix               10 μL
Forward Primer                                                            6 pmol
Reverse Primer                                                            6 pmol
DNAサンプル                                                               Y μL                   
Total Volume                                                              20 μL

*他社品については、それぞれの製品のプロトコルに従って調製

PCRサイクル条件
使用機器:ABI StepOnePlus™

95℃, 60sec.
↓
95℃,5sec.
60℃,10sec.  ×40cycles


■結果

 

他社品と比べて、THUNDERBIRD^® Next SYBR™ qPCR Mix が最も高いプラトーを示しました。
プラトーの高さは試薬の性能や実験データのクオリティーを評価する上では必ずしも重要ではありませんが、やはり増幅曲線が美しいと気持ちがいいですよね。
増幅曲線の見た目にもこだわりたい方は、ぜひ THUNDERBIRD^® Next SYBR™ qPCR Mix をお試しください!。


■さいごに
今回使用した製品をご紹介します!

高効率リアルタイムPCR用マスターミックス
THUNDERBIRD^® Next SYBR™ qPCR Mix 


組成の最適化によりPCRの特異性が向上しています。
PCR効率を上げ、非特異反応(プライマーダイマー等の発生)を抑えることで、幅広い定量可能域(ダイナミックレンジ)を得ることができます。
また伸長時間10秒の高速サイクルにも対応しており、実験の効率UPに最適です。

※記載している会社名および・ロゴマークなどは、各社の商号、商標または登録商標です。