製品別FAQ
【KOD One PCR Master Mix (-Blue-)】
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Q KOD One の特長は?
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A
他のKODシリーズの優れた特徴(高正確、高効率、高成功率、クルード耐性)を持ち、かつさらに高速PCRを行うことが可能です。イノシン(dI)・ウラシル(dU)を含むプライマー・テンプレートにも対応しています。
マスターミックスですので、反応液調製も簡便です。KOD One PCR Master Mix -Blue-には、Loading Dye(BPB)が含まれており、反応終了後そのままゲルにアプライできます。
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Q 電気泳動色素は何が含まれていますか?
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A
ブロモフェノールブルーが含まれています。
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Q Dye含有/不含有の使い分けや性能差を教えてください。
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A
Dye含有:KOD One PCR Master Mix -Blue- [Code No. KMM-201] と Dye不含有:KOD One PCR Master Mix [Code No. KMM-101] の2タイプの製品をご用意しておりますが、Dye含有の違いのみで、PCR酵素としての性能差はございません。
例えば以下のような、PCR後にそのまま電気泳動するのではない場合や、PCR産物にDyeが含まれない方が良いケースでは、Dye不含有:KOD One PCR Master Mix [Code No. KMM-101]をご使用ください。- インバースPCR後に制限酵素DpnI [Code No. DPN-101]で処理を行う変異導入
- PCR産物の3’末端にAをつけてTAクローニングを行う
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Q 伸長速度はどのくらい速いのですか?
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A
増幅長 ～1kb:1sec.、1～10kb:5sec./kb、10kb～:10sec./kb です。
伸長時間を短く設定できるため、PCR反応が終わるまでにかかる時間を短縮することが可能です。
Applied Biosystems® 9700でPCRを行った場合、5kbのターゲットの増幅に要する時間は、30sec./kbの試薬を用いた場合の半分程度に短縮できます。 (装置によりPCRの所要時間は異なります) -
Q 凍結融解の繰り返しは、何回まで可能でしょうか?
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A
20回程度まで凍結融解を繰り返しても、性能に問題がないことを確認しています。
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Q -20℃以外で保存は可能でしょうか?
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A
2~8℃で1ヶ月以内を目安として保存可能です。
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Q プライマーのTm値の計算はどのように行えば良いですか?
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A
最近接塩基対法(Nearest Neighbor method)を用いております。プライマーのTm値計算表(EXCEL)は、こちらからダウンロードいただけます。
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Q 増幅できるターゲット長についての情報を教えてください。
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A
ヒトゲノムDNAをテンプレートとして、40kbの増幅を確認しています。
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Q PCRのサイクルの終了後に68～72℃ 7～10分の伸長ステップは必要でしょうか?
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A
必要ありません。
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Q PCRの条件に初期変性のステップがありませんが、ホットスタート対応でしょうか?
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A
ホットスタート対応です。(KOD Oneではホットスタート用抗体の失活に初期変性のステップは不要です。)
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Q 増幅産物の精製はどのような方法で行えば良いですか?
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A
フェノール/クロロホルム処理を行った後、エタノール沈殿を行うか、弊社の磁性ビーズを利用したDNA精製キット「MagExtractor TM -PCR & Gel Clean up-[Code No. NPK-601]」を利用すると便利です。
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Q KOD One PCR Master Mix -Blue- [Code No.KMM-201]のPCR産物をシーケンシングに
使用する場合、色素(ブロモフェノール)を除く必要がありますか? -
A
PCR産物が十分ある場合は、色素が入っている状態でシーケンシングに使用できます。
30サイクルでPCR産物量が少ない場合は、35～40サイクルに変更してPCR産物量を増やしてください。 -
Q 増幅産物をそのまま制限酵素で処理して、クローニングできますか?
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A
増幅産物をクローニングに用いる場合は、制限酵素処理前に増幅産物の精製を行ってください。
DNA Polymeraseが残存している場合、本酵素の持つ3’→5’ Exonuclease活性により制限酵素処理中に突出末端が削られる可能性があります。 -
Q PCR産物のTAクローニングは可能ですか?
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A
本酵素のPCR産物は平滑化されているため、直接TAクローニングすることはできません。
クローニングには、KODシリーズ専用TAクローニングキット「TArget CloneTM -Plus-[Code No. TAK-201] 」をお薦めいたします。このキットを用いると精製なしでPCR産物を高効率でTAクローニングすることができます。 -
Q 細かな粒子のビーズを用いてPCR産物の精製を行う場合、ビーズの凝集 (ビーズがチューブの壁面に吸着するような現象)
が見られますが、 精製は可能でしょうか -
A
精製自体は可能です。また精製前に以下のような処理のいずれかを行うことで、ビーズの凝集を抑えることが可能です。
(1)Proteinase K : 処理PCR産物50 μLに対し、10~20 mg/ mL Proteinase Kを1 μL添加し、室温で1min以上放置します。
(2)Tween 20処理 : PCR産物50 μLに対し、10% Tween 20を1 μL添加します。 -
Q うまく増幅できない場合の原因と対応方法を教えてください。
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A
トラブルシューティングをご覧いただき、解決しない場合はお問い合わせください。
KOD One® PCR Master Mix/-Blue- トラブルシューティング
お問い合わせフォームはこちら
可能な範囲で結構ですので、以下の情報をお知らせいただけると幸いです。
・製品のLot No.
・サンプル(由来、処理方法)
・ターゲット(遺伝子、長さ)
・プライマー配列またはTm値
・反応液組成(液量、濃度)
・PCRサイクル
・サイクラー機器名
