RT-RamDA®法による NGS解析用ライブラリー調製キット
GenNext® Shin-RamDA-seq® Single Cell Stranded Kit
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価格表
GenNext® Shin-RamDA-seq® Single Cell Stranded Kit
| Code No. | 包装 | 価格(税別) | 保存温度 | 説明書 仕様書 |
SDS | 法規制※ | RML-101T | 24回用 | ￥158,000 | -20℃ | Ｍ | Ｓ | なし | RML-101 | 96回用 | ￥568,000 | -20℃ | Ｍ | Ｓ | なし |
|---|
NSR Primer
用途
●シングルセル、微量RNAからのRNA-seq用ライブラリー調製
説明
GenNext® Shin-RamDA-seq® Single Cell Stranded Kitは、GenNext® RamDA-seq® Single Cell Kitの改良版にあたり、シングルセルや微量のRNA から次世代シーケンス解析(NGS)用のライブラリー調製を行うためのキットです。本キットをご使用していただくことで、RNA全長をカバーしたNGSライブラリーを調製でき、ストランド解析も可能です。
本キットでは、国立研究開発法人理化学研究所で開発された、Reverse Transcription with Random Displacement Amplification(RT-RamDA®) 法を採用しています。RT-RamDA®法は、ランダムプライマーと逆転写酵素の鎖置換活性を利用した新規cDNA増幅方法であり、poly(A) RNAに加え、non-poly(A) RNA由来のcDNAを高感度に検出します。さらにShin-RamDA-seq®では、rRNAのさらなる低減やストランド情報の維持が実装されており、より高精度なRNA-Seq解析が可能です。
特長
●シングルセルや微量RNAに対応
1~100細胞または10pg~1ng total RNA からcDNAの合成が可能です。
●RNA全長をカバーするcDNAの合成が可能
Oligo-dT primer のみを用いる従来法では困難であった10kb以上のターゲットRNAからcDNAの合成が可能であり、RNA全長からシーケンスリードが得られます。
●さまざまな種類のRNAの検出が可能、従来技術より検出遺伝子数がアップ
Poly(A) RNAの解析以外にもさまざまなRNAの解析が可能です。
・アイソフォームや選択的スプライシングの同定
・poly(A) RNAやnon-poly(A) RNA (ヒストンRNAやlncRNA)の検出
・核内RNA(pre-mRNAやlncRNA)の検出
●ライブラリー調製まで対応
cDNA増幅後のイルミナ社NGS用ライブラリー調製まで行うことができます。(精製用磁性ビーズ、アダプターキットが別途必要です)
●⽅向性情報を維持し、より正確な解析が可能
アンチセンスやオーバーラップ遺伝⼦を明確に⾒つけることができます。
原理
<RT-RamDA®原理>
※Shin-RamDA-seq®、RamDA-seq®、RT-RamDA® は国立研究開発法人理化学研究所の登録商標です。
実施例
1. NIH3T3細胞の解析 (Shin-RamDA-seq® KitとRamDA-seq® Kitの⽐較)
1細胞に平均化したマウス由来NIH3T3細胞からライブラリー調製を⾏い、RNA-Seq 解析に供し、検出転写産物・遺伝⼦数、平均カバレッジ、マッピング率、rRNA率、ストランド解析率について解析しました。 RNA-Seqにはイルミナ社 MiSeq® を使⽤しました。
Shin-RamDA-seq® Kitでは⾼いストランド解析率を⽰し、RNAの⽅向性情報が維持されました。またShin-RamDAseq® Kitでは試薬組成を最適化したことで、RamDA-seq® KitよりもrRNA率が低く、検出遺伝⼦数はRamDA-seq®Kitより優れた結果が得られました。またNSR Primerを⽤いることでrRNA率を下げ、より検出遺伝⼦数を増やすことができました。
その他の実施例
実施例2. Shin-RamDA-seq Kitを用いたリードカバレッジ
実施例3. K562細胞の解析
実施例4. FFPEからのNGS解析
- 製品内容
RML-101 RML-101T Lysis Buffer 240μL 60μL Lysis Enhancer 240μL 60μL RNase Inhibitor 22μL 6μL Nuclease free water 960μL 240μL RT-RamDA® Buffer 240μL 60μL gDNA Remover 54μL 14μL rRNA Remover 30μL 8μL RT-RamDA® Enzyme Mix 54μL 14μL RT-RamDA® Primer Mix 54μL 14μL 2nd strand synthesis Buffer 330μL 83μL 2nd strand synthesis Enzyme 55μL 14μL 2nd strand synthesis Primer Mix 275μL 69μL Fragmentase 120μL 30μL End Repair and A-tailing Buffer 96μL 24μL End Repair and A-tailing Enzyme 24μL 6μL Ligation Solution 480μL 120μL Library Amplification Master Mix 300μL 75μL Library Amplification Primer Mix 120μL 30μL
本キットに含まれる試薬の中には、弊社より販売している別キットと名称が同一の試薬が含まれますが、別キットによる試薬の代替はできませんのでご注意ください。
- 注意事項
RamDA Cell Lysis Kit [Code No. RMD-301]は、本製品には対応していません。
- 基本反応条件
- 備考
二本鎖cDNA精製には、磁性ビーズ Agencourt® AMPure® XP試薬 (ベックマンコールター社) を推奨しています。磁気スタンドはマグネットプレート BiT-Mag96(サンプラテック社 品番:30550)がご使用になれます。
インデックスアダプターには、TruSeq®(イルミナ社)などのライブラリー作製で一般的に使用されるアダプターが使用可能です。
本キットには、NSR Primerは含まれておりません。ヒト由来のサンプルにはNSR Primer Set for human [Code No. NSR-101] を、マウス由来のサンプルにはNSR Primer Set for mouse [Code No. NSR-102] のご使用をお勧めします。
- ワンポイントアドバイス
トラブルシューティングは
←こちら
- ※ 法規制について
- 毒： 毒物及び劇物取締法[医薬用外毒物]
- 国： 国民保護法[毒素]
- 劇： 毒物及び劇物取締法[医薬用外劇物]
- 組： カルタヘナ法(遺伝子組換え生物等の使用等の規制による
- 危： 消防法[危険物]
- 生物の多様性の確保に関する法律）
- Ｐ： PRTR法（化学物質排出把握管理促進法）[届け出義務物質]
- 申： ご購入時に申込書の提出が必要な製品
- 労： 労働安全衛生法[通知または表示義務物質]
- なし： 上記法令や申込書の提出に該当しない製品
