実施例

Shin-RamDA-seq 実施例2 Shin-RamDA-seq Kitを用いたリードカバレッジ

平均化したヒト白血病細胞株K562細胞1細胞分からライブラリーを調製してRNA-seq解析を行い、Millefy*を用いてカバレッジを確認しました。Shin-RamDA-seq^® Kitを使用したシングルセル解析で、20kb程度の長さを持つNEAT1_2 全長のカバレッジが確認でき、NEAT1_1、NEAT1_2 のアイソフォームを解析できました。また方向性情報が維持されており、逆向きに転写されることが知られているMRRF とRBM18 においても明確な解析が可能でした。

*Millefy:1細胞RNAシーケンスのリードカバレッジの細胞間変動(細胞ごとのばらつき)を可視化するソフトウェア。




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