実施例
RamDA-seq 実施例8 2nd鎖合成後の精製工程を省略したシングルセル解析用ライブラリー調製法
GenNext® RamDA-seq® Single Cell Kit [Code No. RMD-101, RMD-101T] の標準フローでは2nd鎖合成後に磁性ビーズを用いた精製を行ったあとに、ライブラリー調製を実施する必要があります。今回、工程の簡便化を目的として、2nd鎖合成後の精製を行わない条件での検出遺伝子数・転写産物数、カバレッジを通常方法と比較したところ、以下のような結果が得られましたので、オプションプロトコルとして報告いたします。
【方法】
total RNA 10pg (n=2)からGenNext® RamDA-seq® Single Cell Kit [Code No. RMD-101] の標準プロトコルと2nd合成後の磁性ビーズを用いた精製工程を省略したオプションプロトコル (精製工程以外にも標準プロトコルから変更点がありますので、詳細は オプションプロトコルをご確認ください) にて、cDNA、二本鎖DNAを調製し、Nextera® XT DNA Sample Preparation Kitを用いてライブラリーを調製し(標準プロトコル 15サイクル、オプションプロトコル 17サイクル)、illumina® MiSeq®でシーケンスを行いました。
プライマーとしてNSR Primer set for mouse [Code No. NSR-102]を使用しました。
【結果】
オプションプロトコルでは収量が標準プロトコルより低くなりますが検出遺伝子数・転写産物数は標準プロトコルの90%以上であることが確認できました。
またカバレッジに関しても同等のパターンが確認できました。
オプションプロトコルは こちら
