コーヒーブレイク

■はじめに
このたび、東洋紡からTransposaseを利用したNGSライブラリー調製キット「GenNext^®Transposase-based DNA Library Prep Kit [Code No. TNP-101]」を新しく発売いたしました!
本キットは精製1回のみのシンプルな操作でライブラリー調製が可能です。
また、ライブラリー増幅には、低バイアスな増幅性能でご好評いただいている弊社独自のKOD DNAポリメラーゼを採用しております。

ということで、今回はDNA-seq用のライブラリー調製に関する実験の紹介です!

DNA-seq用のライブラリーを調製する際、
   ・GCリッチな領域だけリード数が少なくなる
   ・うまくカバレッジが得られない
   ・PCRによるライブラリーの増幅バイアスが気になる
といった経験はありませんか?

そこで今回は、GenNext^® Transposase-based DNA Library Prep Kitと、同じくTransposaseベースの他社品を用いて、GC含有率の高い微生物ゲノムからNGSのライブラリー調製を行い、得られるシーケンスデータを比較してみました。

■実験方法
Thermus thermophilus HB8 (Tth) ゲノムDNA 1ngから、GenNext^® Transposase-based DNA Library Prep Kitおよび、他社製Transposaseベースのライブラリー調製キットでライブラリーを調製し、GC含有率におけるカバレッジを確認しました。 PCRは12サイクルで行い、 シーケンスはMiSeq^®(イルミナ社)で実施しました。(他社品の反応液組成、PCRサイクルは他社推奨条件で実施しました。)

■結果
以下の図は、シーケンスされたリードのGCバイアスを比較したものです。
X軸のライブラリーのGC率に対して、Y軸のノーマライズされたカバレッジ(下図:●)が1に近いほど、バイアスなくライブラリーが増幅したことを意味します。GenNext^® Transposase-based DNA Library Prep Kitで調製したライブラリーではPCR増幅が均一に行われ、GC率の高い領域においても低バイアスであることが確認できました。



GenNext^® Transposase-based DNA Library Prep Kitは簡便に調製することができます!
GenNext^® RamDA-seq^® Single Cell Kitと組み合わせることで微量RNAからのライブラリー調製もできます!
現在キャンペーン価格でご提供しておりますので、DNA-seqを実施されている皆様は使ってみてください!
もちろん、サンプル提供もございます!

■さいごに
今回使用した製品はこちら

トランスポゼース使用次世代シーケンサー用ライブラリー調製キット
GenNext^® Transposase-based DNA Library Prep Kit

●微量DNAからライブラリー調製可能
 100 pg~10 ng DNAに対応可能 (1 ngを推奨)。

●断片化されていないDNAにも対応
 トランスポゼースによる断片化・タグメント化反応を利用するため、断片化されていないDNAをサンプルとして使用可能。

●簡便、迅速、高効率にライブラリーを調製
 独自のライブラリー調製法を採用しており、2時間以内で高効率なライブラリー調製が可能。


※「GenNext」は東洋紡株式会社のNGS関連試薬を示す商標または登録商標です。
* 記載している会社名および・ロゴマークなどは、各社の商号、商標または登録商標です。