実施例

KOD SYBR™ qPCR Mix 実施例4 ASP(Allele specific primer)-PCRを用いるSNP(Single nucleotide polymorphism)解析

一方のプライマーの5’末端にGC tailを付加することにより、同サイズのターゲットの識別を融解曲線解析により行うことができます。さまざまな原理のASP-PCRに応用可能です。以下では、3’末端から2塩基目にSNP部位、3塩基目にミスマッチ部位となるように設計し、解析を行いました。



図. 血液や口腔粘膜からの検出(ABI 7500 Fast 使用)
(A) ALDH2 SNP検出に用いたプライマーを示しています。ワンチューブで遺伝子型の識別を可能にするために、一方のアレル特異的プライマーにGC tai(l 下線部)を付加し、増幅  産物の融解温度(Tm値)に差異が生じるように設計しました。GC tail付加による融解温度の上昇を大きくするため、増幅長を100bp以下にしています。また、この実施例においては、アレル特異的プライマーとして3’側から2塩基目をSNP部位(赤)、3塩基目をミスマッチ(緑)になるように設計しました。
(B) 血液の水希釈液、口腔粘膜の水懸濁液を20μL反応系に5μL添加し、検出を行いました。その結果、遺伝子型の判定が可能でした。

KOD SYBR™ qPCR Mix 製品ページ
実施例一覧ページ