実施例

KOD FX Neo 実施例7 コンポスト(堆肥)を用いたメタゲノム解析

コンポスト(堆肥)から、さまざまな方法を用いて粗抽出したDNA溶液(処理上清)をサンプルとして、原核生物共通プライマーを用いてrDNAの増幅を行いました。その結果、アルカリ溶解法とワンステップ法で調製したサンプルを用いた検討において、一般的に広く行われているCTAB法と同程度の増幅を確認することができました(右図)。

続いて、KOD FX NeoのPCRプロダクトは末端が平滑化されているため、専用のTAクローニング試薬TArget Clone^TM -Plus- [TAK-201]を用いてクローニングし、シーケンス解析を行いました。その結果、解析した各96クローンにおいて、良好なシーケンス解析を行うことができました。

また解析結果より、それぞれの粗抽出法によって得られた配列は、ほぼ同様の傾向を示しました(アルカリ溶解法やワンステップ法は大変簡便な方法ですが、はじめて使用される場合は、検出される菌の傾向等について、従来の方法と比較などの事前検討をお勧めします)。

また、アルカリ溶解法によって調製した上清を用いて、さまざまな増幅試薬を用いて、3種類の共通プライマーを用いてrDNAの増幅を行った結果、KOD FX Neoが最も良好な結果を示すことが分かりました(下図)。





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