GenNext Shin-RamDA-seq Kit for Degraded RNA with TNP

GenNext^® Shin-RamDA-seq^® Kit for Degraded RNA with TNPは、FFPE由来RNAなどの分解の進んだRNA から次世代シーケンス解析(NGS)用のライブラリー調製を行うためのキットです。本キットをご使用いただくことで、完全長total RNA-seqのためのNGSライブラリーを調製でき、ストランド解析も可能です。
本キットでは、国立研究開発法人理化学研究所で開発された、Reverse Transcription with Random Displacement Amplification(RT-RamDA^®) 法を採用しています。RT-RamDA^®法は、ランダムプライマーと逆転写酵素の鎖置換活性を利用した新規cDNA増幅方法であり、poly(A) RNAに加え、non-poly(A) RNA由来のcDNAを高感度に検出します。さらにShin-RamDA-seq^®では、ストランド解析が実装されており、より高精度なRNA-Seq解析が可能です。

●分解の進んだRNA⽤に最適化
FFPE由来RNAなど、分解の進んだRNA (RINが5以下) からライブラリー調製ができるよう組成を最適化︕

●⾼効率なライブラリー調製
トランスポゼースベースのライブラリー調製法を採⽤することで、PCRサイクルを抑えながら⾼収量のライブラリーが取得可能

●微量RNAに対応
10 pg~10 ng total RNAに対応可能

●簡便な操作
組成の検討により、従来のRamDA-seq^®試薬からパーツ数を減らし、操作を簡便化 !

●⽅向性情報を維持し、より正確な解析が可能
アンチセンスやオーバーラップ遺伝⼦を明確に⾒つけることが可能

●ヒト用、マウス用セット品をラインアップ
ヒトまたはマウス専⽤プライマーを使⽤することでrRNA由来のcDNA合成を低減

<RT-RamDA^®原理>

※Shin-RamDA-seq^®、RamDA-seq^®、RT-RamDA^® は国立研究開発法人理化学研究所の登録商標です。

1. FFPE由来RNAからのNGS解析 (他社試薬との⽐較)

100pg ~ 5ngのFFPE由来のRNAから、Shin-RamDA-seq^® Kit for Degraded RNA with TNP または他社試薬を⽤いてライブラリー調製を⾏い、RNA-Seq解析に供し、マッピング率、Abundant (rRNAなど)率、検出転写物数、Duplication率について⽐較しました。RNA-Seqにはイルミナ社シーケンサーを使⽤しました。使⽤した FFPEやライブラリー調製の条件は以下の通りです。
結果、100pg という微量RNAを解析した場合に、 Shin-RamDA-seq^® Kit for Degraded RNA with TNP の⽅が ⾼いマッピング率および検出転写物数を⽰しました。また、低いDuplication率から、ライブラリーの複雑性が ⾼いことが確認されました。


 

2. バルクサンプルから得られるデータとの相関性 (他社試薬との⽐較)

実施例1で得られたFFPE由来微量RNAからのデータと、実施例1と同様のFFPE由来RNA 30ngから市販RNA-Seq⽤ライブラリー調製試薬を使⽤して得られたバルクサンプルのデータを⽐較して、遺伝⼦発現相関を評価しました。
結果、Shin-RamDA-seq^® Kit for Degraded RNA with TNP の⽅がバルクサンプルとの⾼い相関性を⽰しました。また、検出された遺伝⼦群を⽐較したベン図からも、⽐較的偏りが少ないことが確認できました。