実施例

NGS Library Prep Kit KODEasy 実施例7 酵素断片化後のDNA精製工程を省略した場合のライブラリー調製

【実験方法】
ヒトゲノムDNA 100 ngを、NEBNext^® dsDNA Fragmentase^®を用いて酵素断片化しました。酵素断片化反応は、NEBNext^® dsDNA Fragmentase^® Reaction Buffer v2および200 mM MgCl₂を含む反応系において、37℃で15分間実施しました。 反応終了後、酵素断片化反応液を速やかに氷冷し、DNA精製を行わず、反応液全量をGenNext^® NGS Library Prep Kit -KODEasy^®-によるライブラリー調製に使用しました。 ライブラリー調製は以下の条件で実施し、その他の操作は本製品の標準プロトコルに従いました。

【主なライブラリー調製条件】
・アダプター : IDT^® for Illumina^® – TruSeq^® DNA UD Indexes v2(使用濃度:5 μM)
・末端平滑化 : 68℃、30分
・リン酸化・A付加 : 30℃、15分、続いて65℃、15分
・アダプターライゲーション : 20℃、30分(標準プロトコルの15分から延長)
・ライブラリー増幅 : 7サイクル
・ライブラリー精製 : 標準プロトコルに従って実施

【結果】
酵素断片化反応液を精製せずにライブラリー調製に使用した場合においても、目的とするライブラリーサイズ領域にピークが確認されました。また、アダプターダイマーに相当する低分子領域のシグナルは低く抑えられていました。
以上の結果から、GenNext^® NGS Library Prep Kit -KODEasy^®-を用いることで、NEBNext^® dsDNA Fragmentase^®による酵素断片化後のDNA精製工程を省略した場合においても、目的とするサイズ分布を有するライブラリーを調製できることが確認されました。
酵素断片化後の精製工程を省略しつつ、断片化時間の変更が可能であるため、作業時間の短縮や精製操作に伴うサンプルロスの低減が期待されます。


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