(KOD FX) 実施例27

先生方からいただきましたKOD FXの使用例を掲載いたしております。実験にお役立てください。

 実施例11:ヒト糞便から精製したDNAを用いた
               Helicobacter pylori cagA遺伝子の増幅

 

【遺伝子名】
Helicobacter pylori cagA

【サンプル】
ヒトの糞便からQIAmp DNA stool mini kit (QIAGEN)を用い精製したDNA

【ターゲット長】
239bp

【プライマー条件】
1st PCR Forward:AACCAATCGTTGATAAGAAYGATAG
1st PCR Reverse:TGTTGATTTTAGAYGGATCKTTTTG

2nd PCR Forward:GAAYGATAGGGATAAYAGGC
2nd PCR Reverse:CKTTTTGAWGRGACACCCAA
(K:G/T,Y:C/T,W:A/T)

【サイクル】
●A社 PCR試薬
95 ℃ 10min

(94 ℃ 30sec,50 ℃ 60sec,72 ℃ 30sec)×30Cycles

●KOD -Plus-
94 ℃ 2min

(94 ℃ 15sec,53 ℃ 30sec,68℃ 30sec)×40Cycles

●KOD  FX (1st PCR)
94 ℃ 2min

(98 ℃ 10sec,55 ℃ 30sec,68℃ 30sec)×50Cycles

●KOD  FX (2nd PCR)
94 ℃ 2min

(98 ℃ 10sec,56 ℃ 30sec,68℃ 30sec)×50Cycles

20081111U11_6.jpg

【データご提供】
大阪大学大学院 医学系研究科
保健学専攻 生体情報科学講座
山本 容正先生、平井 到先生、紀本 愛先生
 
【先生からのコメント】
KOD FXを用いる前に幾つかの酵素を使用して条件を検討していましたが、
満足できる増幅は得られておりませんでした。
KOD FXを使用した場合、増幅も特異性も著しく向上したと考えております。

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