(KOD FX) 実施例8 プライマー設計に制限がある場合の増幅例

 

配列情報が少なく、オープンリーディングフレーム(ORF)の末端にしかプライマーを設計できないような時など
必ずしも最良なプライマーペアを設計できるとは限りません。以下に、通常のプライマーの設計が困難なターゲットの例として、MAPK1遺伝子(下記参照)のORFの増幅を行った結果を示します。
なお、他社製品のPCR条件は各社で推奨されているサイクルで増幅いたしました。

●Target:
NM_002745 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 1 (MAPK1), transcript variant 1

●プライマー:
開始コドン(MAPK1_F下線)から終止コドン(MAPK1_R下線)を増幅するように設計
MAPK1_F:ATGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGGCGCGGGC(30mer)
MAPK1_R:TTAAGATCTGTATCCTGGCTGGAATCTAGC(30mer)

20080526KFX_primer_A.jpg

20080526KFXPrimer_B_1.jpg
 

 【考察】MAPK1_FプライマーはGC%が非常に高く、最良なプライマーとは言えませんが、KOD FXを用いることにより、1回で明瞭な増幅を確認することができました。