実施例

KOD FX 実施例7 プライマー設計に制限がある場合の増幅

配列情報が少なく、オープンリーディングフレーム(ORF)の末端にしかプライマーを設計できないような時など必ずしも最良なプライマーペアを設計できるとは限りません。以下に、通常のプライマーの設計が困難なターゲットの例として、MAPK1遺伝子(下記参照)のORFの増幅を行った結果を示します。
なお、他社製品のPCR条件は各社で推奨されているサイクルで増幅いたしました。

●Target:
NM_002745 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 1 (MAPK1), transcript variant 1

●プライマー:
開始コドン(MAPK1_F下線)から終止コドン(MAPK1_R下線)を増幅するように設計

   MAPK1_F:ATGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGGCGCGGGC(30mer)
   MAPK1_R:TTAAGATCTGTATCCTGGCTGGAATCTAGC(30mer) 


【考察】
MAPK1_FプライマーはGC%が非常に高く、最良なプライマーとは言えませんが、KOD FXを用いることにより、1回で明瞭な増幅を確認することができました。



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