KOD FX Neo 実施例7
コンポスト(堆肥)を用いたメタゲノム解析



コンポスト(堆肥)から、様々な方法を用いて粗抽出した
DNA溶液(処理上清)をサンプルとして、原核生物共通
プライマーを用いてrDNAの増幅を行いました。その
結果、アルカリ溶解法とワンステップ法で調製した
サンプルを用いた検討において、一般的に広く行われ
ているCTAB法と同程度の増幅を確認することができ
ました(右図)。


続いて、KOD FX NeoのPCRプロダクトは末端が平滑化されているため、専用のTAクローニング試薬「TArget CloneTM -Plus-」を用いてクローニングし、シーケンス解析を行いました。その結果、解析した各96クローンにおいて、良好なシーケンス解析を行うことができました。また解析結果より、それぞれの粗抽出法によって得られた配列は、ほぼ同様の傾向を示しました(アルカリ溶解法やワンステップ法は大変簡便な方法ですが、はじめて使用される場合は、検出される菌の傾向等について、従来の方法と比較などの事前検討をお勧めします)。
 また、アルカリ溶解法によって調製した上清を用いて、様々な増幅試薬を用いて、3種類の共通プライマーを用いてrDNAの増幅を行った結果、KOD FX Neoが最も良好な結果を示すことが分かりました(下図)。