簡便、迅速にライブラリーを調製

イルミナ社次世代シーケンサー用ライブラリー調製キット GenNext® NGS Library Prep Kit

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価格表

Code No. 包装 価格 保存温度 取扱説明書
データシート
SDS 法規制※1
LPK-101T 8回用 ¥35,000 -20℃ 取扱説明書 SDS 該当無し
LPK-101 24回用 ¥68,000 -20℃ 取扱説明書 SDS 該当無し
LPK-101L 96回用 ¥210,000 -20℃ 取扱説明書 SDS 該当無し

用途

●イルミナ社次世代シーケンサー用ライブラリー調製

説明

GenNext® NGS Library Prep Kitは、断片化された2本鎖DNAやPCR産物からillumina® 次世代シーケンサー用ライブラリーを調製するためのキットです。本製品をご使用いただくことで簡便かつ迅速にライブラリーを調製いただけます。
本製品では、1ng - 1μg の2本鎖DNA断片の末端修復および3’末端のアデニル化を行った後、Tオーバーハングのアダプターをライゲーションします。
インプットするDNA量が少なく、ライブラリーの増幅が必要な場合は、遺伝子改変型KOD DNA polymeraseを用いて開発された高正確性PCR用酵素を用いて、末端にアダプター配列をもつライブラリーを低バイアスで増幅します。

特長

●簡便かつ迅速な操作フロー
末端修復および3’末端のアデニル化からアダプターライゲーションまでの工程を同一容器内で行うことができます。末端修復および3’末端のアデニル化は15分、アダプターのライゲーションは15分で実施可能です。ライブラリー増幅はアニーリング10秒、伸長15秒のサイクルで実施できます。


●広範囲のインプット量
広範囲のインプット量(1ng - 1μg)に対応するように設計されています。


●低バイアスのライブラリー増幅
ライブラリーの増幅に使用するLibrary Amplification Master Mixには遺伝子改変型KOD DNA polymeraseを用いて開発された高正確性PCR用酵素が使用されています。GCの偏りによる増幅への影響を最小限に抑えており、さまざまな領域を均一に増幅することが可能です。

実施例

1.NGSを用いたライブラー調製キットの評価

MiSeq (illumina社)およびMiSeq  Reagent Kit v2(300 Cycles)(illumina社)を用いて大腸菌ゲノム(1μg PCR Freeあるいは1ng 12サイクル増幅)の次世代シーケンサー解析を実施しました。ライブラリーの調製は、GenNext® NGS Library Prep Kit あるいはA社 ライブラリー調製キットを用いて実施しました。
ライブラリーデータはリード数を等しくするためダウンサンプリングを行い、各サンプル100万リードに揃えて解析しました。解析はCLC Genomics Workbench (キアゲン社社/CLC bio)を用いました。



その結果、GenNext® NGS Library Prep Kitでは、A社の試薬と比較して良好なマッピング率、リファレンスとの一致率を示しました。
 

2.ライブラリー収量および分布の比較

断片化処理済みのヒトゲノムDNA 1, 10, 100ng、大腸菌ゲノムDNA 1μg、あるいは100bp DNAラダー 1, 10ngから GenNext® NGS Library Prep KitあるいはA社ライブラリー調製キットでライブラリーを調製しました。
アダプターはillumina社のインデックスアダプター、ライブラリーのクリーンアップはAgencourt  AMPure  XP試薬(Beckman Coulter)を用いました。
1μgは増幅なし、1ngは11サイクル、10ngは8サイクル、100ngは5サイクルで増幅し、ライブラリーサイズの分布をMultiNA®(島津製作所)で確認しました。ライブラリー収量はGenNext® NGS Library Quantification Kit (Code: NLQ-101)で確認しました。


その結果、ライブラリーサイズの分布はGenNext® NGS Library Prep KitとA社の試薬で同等であり、低インプット量において、GenNext® NGS Library Prep Kitでは、A社の試薬と比較して高い収量を示しました。いずれもMiSeq に供するために必要な4nM以上の収量が得られました。

製品内容
【LPK-101T】   
・End Repair and A-tailing Buffer
  80μL×1本
・End Repair and A-tailing Enzyme
  20μL×1本
・Ligation Solution

400μL×1本

・Library Amplification Master Mix
  230μL×1本
・Library Amplification Primer Mix
  46μL×1本

【LPK-101】   
・End Repair and A-tailing Buffer
  240μL×1本
・End Repair and A-tailing Enzyme
  60μL×1本
・Ligation Solution

1,200μL×1本

・Library Amplification Master Mix
  690μL×1本
・Library Amplification Primer Mix
  138μL×1本

【LPK-101L】   
・End Repair and A-tailing Buffer
  960μL×1本
・End Repair and A-tailing Enzyme
  240μL×1本
・Ligation Solution

1,600μL×3本

・Library Amplification Master Mix
  1,380μL×2本
・Library Aplification Primer Mix
  552μL×1本

※アダプターと磁性ビーズ(アダプターのライゲーションおよびライブラリー増幅後の精製用)は含まれておりません。

アダプター
インデックスを有するIllumina® TruSeqTM などのライブラリー作製で一般的に使用されるアダプターが使用できます。
(例)
TruSeq DNA Single Indexes Set A, TruSeq DNA Single Indexes Set B
カタログ番号:20015960, 20015961
(上記以外も、同様の設計を有するアダプターであれば本キットで使用できます。)

SPRI(solid phase paramagnetic bead)磁性ビーズ

Agencourt AMPure XP試薬(Beckman Coulter) カタログ番号:A63880, A63881等を推奨いたします。ご使用にあたっては試薬の取扱説明書に従ってください。 

基本反応条件

断片化DNA

末端修復および3'末端のアデニル化

アダプターのライゲーション

ライゲーション後の精製

(DNA量が少ない場合)
ライブラリー増幅

ライブラリー増幅後の精製

(オプション)
サイズセレクション

備考

illumina® 、TruSeqTMはillumina Inc.の登録商標または商標です。
MultiNA® は、島津製作所の登録商標です。

ワンポイントアドバイス


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品名 Code No. 包装 価格 保存温度 取扱説明書
データシート
SDS 法規制※1
GenNext NGS Library Quantification Kit NLQ-101 500回用 ¥68,000 -20℃ 取扱説明書 SDS 該当無し
※1 法規制について
: 毒物及び劇物取締法に基づく医薬用外毒物です。
: 毒物及び劇物取締法に基づく医薬用外劇物です。
: 消防法に基づく危険物です。
: 御購入時に申込書の提出が必要な製品です。
: 「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」 (カルタヘナ法)に基づく組換え体または昆虫細胞組換え体で生産されたタンパク質です。
該当なし: 上記法令や申込書の提出に該当しない製品です。
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